1983年，卢永根担任华南农学院院长，开始了长达13年的校长生涯。上任之初，在接受《光明日报》记者的专访时，卢永根谈到自己的党员、校长、教授这三个角色的关系，说自己谨记“先党员，后校长;先校长，后教授”的原则，这个简单原则体现了卢永根对党的教育事业高度负责、学校利益高于一切的责任感。
这句话虽然简单，但真正要把握好这三种角色的关系很难。卢永根用自己的行动表明，他真正做到了。
在卢永根看来，很多人是有多重身份的，比如说既是专家，又是党员。如果他们在党内以专家自居，在党外的专家面前又标榜自己为党员，这是不行的。而他自己首先是一个党员，工作上首先要从大局出发;在校长和教授身份上，自己首先应该考虑校长这个角色。既然是校长，就要着眼于学校的发展，就要把自己教授的工作和身份暂时放下。特别是不能利用校长的身份，给自己的教授身份获得好处，比如学校的资源向自己的研究方向或实验室倾斜，利用自己的地位帮助自己的团队获取研究经费等种.种好处。
这一点，给张桂权留下了很深的印象，据他回忆，老师卢永根担任校长的13年，完全是全心全意站在学校的高度，为学校全局谋发展，但也恰恰是他自己的实验室发展受到“不公正待遇”的时期。
身为校长，卢永根坚持着自己的治校理念。在他的回忆中，当校长期间他主要做了三件事，摆在首位的是学校的人才队伍和学科建设;第二，坚决抵制住了学校为主体的商业行为;第三，不遗余力地进行校园环境建设。在若干年后的今天看来，这三件事，都交出了让人满意的答卷，而正是这份答卷为学校的未来发展奠定了牢固的基础。
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