损害公司利益责任纠纷已被明文列入“与公司有关的纠纷”，故有关损害公司利益责任纠纷的地域管辖，不适用民事诉讼法及其司法解释关于侵权责任纠纷的规定，应由公司住所地人民法院管辖为宜，以方便当事人诉讼，便于人民法院依法审理。
在损害公司利益责任纠纷中，一般情形下，公司的法定代表人有权对外代表公司处理公司事务，但在担任法定代表人的股东或董事与公司发生纠纷时，如允许股东、董事继续以公司法定代表人身份代表公司诉讼，将可能导致股东、董事个人利益与公司利益发生冲突。
院在诉讼过程中可采取以下方式进行确定：
(1)公司章程对公司诉讼代表权的人选确定有约定，按照章程约定；
(2)建议公司召开临时股东会，或以股东协商方式选定公司诉讼代表人；
(3)公司不能通过股东会或协议方式确定诉讼代表人的，对设有董事会的公司，通知副董事长代表公司参加诉讼。对未设董事会的公司，通知其他董事代表公司参加诉讼。其他董事有两人以上的，可协商确定其中之一。协商不成的，法院可予以指定；
(4)公司董事会或董事中无合适人选的，基于公司监事会的法定职责，法院可指定公司监事会或执行监事代表公司参加诉讼；
(5)通过以上途径仍不能确定，法院可指定与担任法定代表人的股东、董事提起的诉讼没有明显利害关系的其他股东作为公司诉讼代表人。”
在损害公司利益责任纠纷的司法实践中，法院往往将公司列为无独立请求权的第三人。公司作为独立的法人，可以选择是否参加诉讼，法院可以将公司作为诉讼参与人：当公司认为原告股东的诉讼行为妥当并且有利于自己的利益时，可以一般共同诉讼人的身份成为共同原告；当公司发现原告股东的行为不当且对公司不利时，可以辅助参加人身份辅助被告参加诉讼，以防诉讼结果不利于公司利益。
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