农村合作医疗每年缴纳时间为每年的11月份到12月份尾，生效时间为次年的1月1日，也就是说农民参加合作医疗必须在每年11-12月参保，次年补交只能在下一年才能生效。 3、2000元 (不含)以上的，报销50%。 3、10000元 (不含)以上的，报销50%。 3、10000元 (不含)以上的，报销50%。 3、10000元以上 (不含)的，报销40%。
法律依据：《农村合作医疗政策》 (二)住院补偿1、普通住院补偿对政策范围内的费用，按不同医院级别和不同住院例均费用水平分别设置起付线及补偿比，实行“分段、分比例”方法进行补偿，年度封顶线100000元(各级医疗机构具体补偿比例政策按全省统一指导意见执行)。对AAA医院其住院补偿比例在分段补偿标准的基础上相应提高5个百分点，对A医院其住院补偿比例在分段补偿标准的基础上相应降低5个百分点。2、住院单病种补偿对住院部分病种(2012年纳入34种，与上年比较新增15个病种)纳入单病种实行定额付费方式补偿。即参合患者在开展单病种付费的定点医疗机构住院时，只需先交纳单病种规定的自付费用部分，出院时，到定点医疗机构合管科按市统一补助标准办理补偿手续。超出限价标准的部分，一律由医疗机构负担，合作医疗基金及住院患者均不予支付。
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