建设工程合同纠纷可以约定仲裁，但前提是仲裁协议或者条款是有效的。根据《民诉解释》第215条规定，依照民事诉讼法第124条第2项的规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院应当告知原告向仲裁机构申请仲裁，其坚持起诉的，裁定不予受理，但仲裁条款或者仲裁协议不成立、无效、失效、内容不明确无法执行的除外。第216条规定，在人民法院首次开庭前，被告以有书面仲裁协议为由对受理民事案件提出异议的，人民法院应当进行审查。由上述可知，仲裁条款具有抗辩效力，阻却法院对于争议事项的管辖。
一、合同约定仲裁又诉讼可以吗
关于这个问题，《仲裁法》第五条规定：当事人达成仲裁协议，一方向人民法院提起诉讼的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。
但是也有例外，综上，如果合同存在有效的仲裁协议，那么就不能向法院提起诉讼，但如果法院不知道有仲裁协议存在，受理了该纠纷，而另一方在首次开庭前又没有提出异议的，视为放弃仲裁协议。
法律依据：
《中华人民共和国仲裁法》第五条
当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。
二、不予执行仲裁的情形有哪些？
被申请人提出证据证明仲裁裁决有下列情形之一的，经人民法院组成合议庭审查核实，裁定不予执行：
(一)当事人在合同中没有订有仲裁条款或者事后没有达成书面仲裁协议的；
(二)裁决的事项不属于仲裁协议的范围或者仲裁机构无权仲裁的；
(三)仲裁庭的组成或者仲裁的程序违反法定程序的；
(四)裁决所根据的证据是伪造的；
(五)对方当事人向仲裁机构隐瞒了足以影响公正裁决的证据的；
(六)仲裁员在仲裁该案时有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁决行为的。
人民法院认定执行该裁决违背社会公共利益的，裁定不予执行。
裁定书应当送达双方当事人和仲裁机构。
仲裁裁决被人民法院裁定不予执行的，当事人可以根据双方达成的书面仲裁协议重新申请仲裁，也可以向人民法院起诉。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民法院关于适用的解释》第二百一十五条依照民事诉讼法第一百二十四条第二项的规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院应当告知原告向仲裁机构申请仲裁，其坚持起诉的，裁定不予受理，但仲裁条款或者仲裁协议不成立、无效、失效、内容不明确无法执行的除外。
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