杭州植物园的园徽图案由树与水两部分组成。以 壳斗科、 樟科、 木兰科等亚热带阔叶树的轮廓为树之造型，体现了杭州植物园地处亚热带 季风气候区的植被特征。大树与小树相互依偎的组合，既是园内植被丰富繁茂的简洁表现，又是 杭州植物园的精华——植物分类区的浓缩，同时还寓意植物园人老少相携的“传帮带”精神。
树的线条似烈焰冉冉上升，体现了杭州植物园蒸蒸日上、蓬勃发展的势头和植物园人积极向上的精神风貌。树下方流动的蓝色水体线条，点出了杭州植物园地处 江南水乡且位于西湖之滨的地域特征，也代表了杭州植物园内众多的水体和以泉水闻名的经典景点——玉泉，同时还寓意杭州植物园奔腾不息的旺盛生命力。图案整体造型简洁明快、线条柔和、色彩和谐，突出了杭州植物园的“绿色”、“生态”、“和谐”、“科学”的主题。
栽种植物三千余种，收集 标本五万多份，在国际上和四十多个 国家建立了交换树苗与资料的合作关系。这里长有美国的红杉、 希腊的油橄榄、日本的碧桃、 比利时的大王莲等，成为 植物荟萃之地。玉泉，是植物园园 景之一的山水园，水质清澈、晶莹如玉，故名。玉泉池内养有五色巨鲤。“ 玉泉鱼跃”即此。旧有 珍珠泉和晴空细雨池的景色已难窥见。植物园的亭、廊、叠石、水泉、衬托四季花木，天然成趣。