突发事件发生以后全国突发事件应急处理指挥部由国务院有关部门和军队有关部门组成。《突发公共卫生事件应急条例》第三条规定,突发事件发生后,国务院设立全国突发事件应急处理指挥部;由国务院有关部门和军队有关部门组成,国务院主管领导人担任总指挥,负责对全国突发事件应急处理的统一领导、统一指挥。国务院卫生行政主管部门和其他有关部门,在各自的职责范围内做好突发事件应急处理的有关工作。