视情况而定。存疑不起诉不会留下案底,案底只能由人民法院依法判决,如果确实构成犯罪的,人民法院判决生效以后会有案底;存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪,也就是无罪之人,自然没有案底的。
法律依据:《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百条 在被告人最后陈述后,审判长宣布休庭,合议庭进行评议,根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定,分别作出以下判决:(一)案件事实清楚,证据确实、充分,依据法律认定被告人有罪的,应当作出有罪判决;(二)依据法律认定被告人无罪的,应当作出无罪判决;(三)证据不足,不能认定被告人有罪的,应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。