丁颖去世之后，卢永根回到华南农学院，继续从事水稻遗传育种的教学和研究工作。他带回丁颖院士生前收集的七千多份稻种，成为华南农学院开展水稻育种最宝贵的资源。据他的学生刘向东介绍，这个种质资源库，不仅学校的研�咳嗽笨梢岳?茫?部?鸥?泄?蒲г骸⒏吹┐笱А⒅猩酱笱У裙�内科研机构，后来逐渐扩充到一万多份水稻种质资源，是我国水稻种质资源收集、保护、研究和利用的重要宝库之一。
运动初期，卢永根被戴上“死不改悔走资派兼反动学术权威”的帽子，后来被下放广东翁城干校，在这里度过了十年的时光。直到1978年，卢永根才迁回广州。
1978年8月，由国家农牧渔业部派遣，卢永根到菲律宾的国际水稻研究所参加“遗传评价与利用”培训班学习，为期4个月，在培训班结业考试中，卢永根在来自11个国家的31名学员中，成绩名列第一。培训结束后，卢永根以访问学者身份又留所从事研究工作2个月。
20世纪50年代，我国的科研人员培育出水稻矮秆品种，大大提高了水稻产量。同时，矮秆也有利于提高水稻的抗倒伏性，因此对水稻矮生性遗传规律进行研究具有重要的现实意义。
20世纪70年代末期，卢永根对此进行了研究。他选用矮脚南特等4个早籼稻矮源，分别与高秆品种冷水麻杂交，通过对其杂交后代的遗传分析，研究矮源的基因型和遗传方式。通过实验，卢永根发现水稻品种的半矮生性属简单遗传，受一对隐性主基因控制，同时还存在一些修饰基因。因此，他提出矮秆水稻品种并非越矮越好，半矮生性品种比较符合中国当前育种的要求。与此同时，他将中国现有的水稻矮秆品种划分为矮生性和半矮生性两个类型和四个群，其中半矮生性的遗传方式较简单，容易在其后代得到稳定。卢永根还强调，理想的矮源不仅遗传组成应属于半矮生性，而且要具备优良经济性状和高的配合力。这些研究结果为有效利用现有水稻矮源和人工创造新矮源提供了理论依据。
1980年，卢永根以公派访问学者身份赴美国加利福尼亚大学戴维斯分校留学，与美国著名水稻遗传育种专家J.Neil Rutger博士合作研究。在这里，他将自己对水稻育种的研究拓展到了细胞生物学层面，进行水稻诱导胞核雄性不育突变体的细胞学研究。卢永根将11个水稻胞核雄性不育突变体划分成四类：可染花粉败育型、部分花粉败育型、完全花粉败育型和无花粉型，进而在花粉母细胞减数分裂和小孢子发育期对这四类胞核雄性不育突变体进行了细胞学观察，探讨它们的败育机理。结果表明，明显的染色体畸变与胞核雄性不育性有着密切的关系。
丁颖在《中国栽培稻种的起源及其演变》一文中认为，中国栽培稻起源于华南，而分布在华南的野生稻是栽培稻的祖先。在丁颖的影响下，卢永根也开始密切关注中国稻作的起源问题，并多次与梁家勉等知名农学史家交流。但多年以来，对中国栽培稻起源的研究，多限于历史学、考古学等少数几个领域。卢永根在20世纪80年代从细胞遗传学的角度对栽培稻种的起源进行了研究。他选择了原产中国的普通野稻、药用野稻和疣粒野稻三个野生稻种，对它们进行粗线期核型的研究，并与栽培稻进行比较分析，建立了中国三个野生稻种的粗线期核型。他的研究结果表明，中国三个野生稻种的粗线期核型存在着差异，其中普通野稻与栽培稻在染色体长度变化范围、相同类型和编号的染色体数目、核仁组成中心的位置以及染色粒的分布方式等方面均表现出最大相似性，从而进一步印证了丁颖的论点，即普通野稻是中国栽培稻的近缘祖先。