历史上，像南京玄武湖这样命运多舛的湖泊并不多见;除了经常被迫更换名称之外，玄武湖忽大忽小，时有时无的行列经历，也不是其它湖泊所能比的。
据南京大学历史系教授贺云翱称，古代玄武湖的周边是今天南京主城区最早适合人居的境地。早在大约6500~4020xx年前，玄武湖就与南京人的生活发生了联系。史载东汉建安末年，诸葛亮出使江东路过南京，作出“钟山龙蟠，石头虎踞，此乃帝王之宅也”的风水评价，玄武湖在六朝时面积比如今大，而且直接与长江相通，湖中可以成为水军训练场所。
玄武湖是在岩浆侵入体和断层破碎的软弱部位，经过风化剥蚀发展而成的湖盆，历史上的湖面要比现存的广阔得多。原来只是一块因断层作用而形成的沼泽湿地，湖水来自钟山北麓。
秦始皇嬴政统一六国后，曾经五次出巡，其中有两次路过今南京。公元前220xx年，传说秦始皇第五次出巡回归，至金陵时，几个陪同的望气术士见金陵四周山势峻秀，地形险要，就对秦始皇说：金陵有天子气。秦始皇一听大为不悦，命人开凿方山，使淮水流贯金陵，把王气泄散，并将金陵改为秣陵。