查干湖位于霍林河末端与嫩江的交汇处，属霍林河的堰塞湖泊。1984年之前，查干湖水源主要靠霍林河洪水，以及地表径流、深重涝区排水。霍林河下游前进水文站资料记载，1957～1964年，霍林河连年大水入查干湖，1960年9月份流量达到20m/s。1966～1970年，时有洪水进入，流量小，查干湖虽然缺水，但尚能维持。后由于霍林河上游先后建起罕嘎力、兴隆、胜利等水库，层层拦截蓄水，查干湖入湖水量减少。1971～1982年，霍林河水入湖基本断流。1984～20_年，查干湖的主要水源为引松花江水(通过引松工程自流水和前郭灌区排水)，以及天然降水，霍林河、洮儿河来水、深重涝区排水、嫩江洪水倒灌等。湖区多年平均来水量为5.66×10m，其中区域径流可利用量为3.56×10m，前郭灌区每年泄水入湖量1.3×10m。根据1960、1969、1986、1998年水情综合分析，霍林河每隔20_年左右会有一次大水入查干湖，洪水虽然会带来一定的危害，但对缓解旱情、抬高地下水位，增加蓄水和改善水质又是十分有利的。1986年，霍林河的洪水使查干湖最高水位一度升到131.23米，查干湖渔场场部岗下的20多户职工房屋被淹毁，场部通往外界仅有的一条路被水淹没而成为孤岛。1998年，查干湖接纳了霍林河、洮儿河及嫩江百年不遇的特大洪水，最高水位132.02米，蓄水最多时达18亿立方米，为泄洪，查干湖渔场被迫扒开粮店大坝长达近一年时间，渔业损失较大。
霍林河，自内蒙古自治区兴安盟科右中旗高力板在通榆县同发牧场入境，流经通榆、大安两县(市)汇入查干泡。流域面积为1.99万平方公里，河流长590公里。通榆县境内有堤防长114.8公里，保护11个乡(镇、场)、13.2万人和8万亩耕地。大安市内无堤防，洪水漫散。历史最大洪水发生在1998年，白云胡硕水文站洪峰流量为4230立方米每秒，造成霍林河两岸严重灾害。
洮儿河，黑龙江水系松花江西源嫩江右岸最大支流。位于中国内蒙古兴安盟境内与吉林省西北部。源出内蒙古大兴安岭东南麓高岳山阿尔山市白狼镇九道沟。由10条大小不一的小河汇集而成。东南流经科右前旗、乌兰浩特市、洮北区、洮南市、镇赉县，在大安市北部注入月亮泡，再流入嫩江。长553千米，流域面积3.08万平方公里。由西北向东南流至乌兰浩特汇集归流河，至吉林省洮南市转向东北流入嫩江。1958年修建幸福渠，位于大安县西部，西起六合乡敖包营屯西，东至同建乡小西米泡。将洮儿河水引到杨磨房和大榆树西泡、牛心套保泡等湖泊内。实际上连通洮儿河、霍林河水系下游。同时，丰水年，洮儿河水漫溢，历史上也多次进入查干湖。