企业公司的股东撤资进行清算有以下方式:1.减少注册资金注销股权。《公司法》第一百七十七条规定,公司需要减少注册资本时,必须编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人,并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内,未接到通知书的自公告之日起四十五日内,有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。2.股权转让。《公司法》第一百三十七条规定,股东持有的股份可以依法转让。