公司扣押毕业证不合法。用人单位招用劳动者,不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。我国法律没有赋予用人单位扣押毕业证的权利,如果用人单位借故实行了扣押行为,职工就有权通过法律途径维护合法权益,讨回公道。
法律依据:
《中华人民共和国劳动合同法》 第九条 用人单位招用劳动者,不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。