法律分析:公司扣押毕业证不合法。
用人单位招用劳动者,不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。
法律依据:《中华人民共和国居民身份证法》 第十六条 有下列行为之一的,由公安机关给予警告,并处二百元以下罚款,有违法所得的,没收违法所得:
(一)使用虚假证明材料骗领居民身份证的;
(二)出租、出借、转让居民身份证的;
(三)非法扣押他人居民身份证的。