内部控制制度是现代管理理论的重要组成部分，是在实践中逐步产生、发展和完善起来的。它是以一种强调以预防为主的制度，目的在于通过建立完善的制度和程序来防止错误和舞弊的发生，提高管理的效果及效率。行政事业单位的内部控制是指主要通过会计工作和利用会计信息对行政事业单位各项活动所进行的指导、调节、约束和促进等活动,以提高行政事业单位的工作效率和社会效率。 在信息管理时代，加强和完善行政事业单位内部控制制度，对于防止舞弊行为的发生，保证国家财政资金的安全显得十分重要和迫切。
一、内部控制制度建设的必要性
1、保证会计信息的质量。
内控制度通过制定和执行业和业务处理程序、科学的职责分工，使会计资料在相互牵制的条件下产生，从而有效地防止错误和弊端的发生，保证会计资料的正确性和可靠性。一些单位没有完善、有效的内控制度，致使会计资料在传递过程中因相互脱节而发生问题，导致会计信息失真。所以，科学、完善的会计内控制度是保证及时为单位工作提供可靠、准确的会计信息的基础。
2、依法理财的关键
为促进单位会计内控制度建设加强单位内部会计监督，强化内部自我约束机制，提高会计信息质量，《会计法》明确规定“各单位应当建立健全本单位内部会计控制制度”。《会计法》是深化会计改革，促进市场经济健康发展的保障。而且，会计内控制度能够保证国家对各单位的宏观控制。国家制定的一系列财经纪律及法规都要求各单位通过制定内部会计控制制度来落实，各单位通过实施内部会计控制制度实现自我约束。
二、完善行政事业单位内部控制制度的若干建议
从总体上考虑，可以从以下几个方面进行完善:
1、加强单位负责人的自觉控制意识 。内部控制成败如何取决于行政事业单位工作人员的控制意识和行为，而单位负责人内部控制自觉意识和行为又是关键。有时内部控制本身也有局限性，主要是单位领导人控制的随意性，或不严格执行内部控制制度，使“人治”因素增大。因此，提高单位负责人自觉执行内部控制制度的意识显得尤为重要。
2、完善资产管理的内部控制。 在资产管理环节应建立授权批准制度，各项经济业务必须经过规定程序的授权批准，明确相关部门人员的责任、权利、义务，对各项财产物资应采取限制接近措施，严格限制未经授权人员对资产直接接触，定期对各项财产物资进行盘点，并将盘点结果与会计记录进行核对，出现不一致时应分析原因、查明责任、完善管理制度。对债权、债务应督促经办人及时核对、清理，避免和减少资产流失，坏账损失需按规定程序经批准后核销。
3、增强会计基础工作,强化会计系统的控制作用。 会计基础工作薄弱严重制约了行政事业单位的内部控制制度建设和部门预算的实施效果。因此,要提升行政事业单位内部控制水平,为财政“节流”奠定坚实的基础,还必须重视改进行
政事业单位的会计基础工作,强化会计系统的控制作用。 强化会计工作基础,需要财政机关加强对行政事业单位会计人员的会计基础工作规范的培训教育,并在此基础上建立对行政事业单位的会计基础工作的全面检查制度,并建立相应的奖惩制度。
4、建立健全行政事业单位内部控制制度体系 。行政事业单位由于经费管理体制上的特殊性，其内部控制也有其特殊性。如收支两条线管理、部门预算、政府采购、会计集中核算、国库单一账户体系等，都应建立适合其特点的内部控制制度。同时符合条件的单位应建立健全内部审计制度。这项控制很重要，而且很有必要，单位内部的经济活动、管理制度是否合理、合规、有效，由内审机构进行评价，可以有效化解组织风险，对整治舞弊、促进廉政建设也起到一定作用。
5、内部控制的执行要掌握一定的方式方法 。行政事业单位的内部控制要注意抓重点，针对本单位的工作实际，抓本单位的薄弱环节。重点要把握好以下几个方面： 一是预算控制。行政事业单位应适应财政发展的需要，建立一套以预算管理为基础的内部控制体系，主要包括预算的编制、审定、执行、监控、分析、调整、考核等。二是授权批准控制。单位在处理经济业务时，必须经过授权批准以便进行控制。在授权批准控制时，一定要明确授权批准的范围、授权批准、权限、授权批准责任和授权批准程序。三是关键点控制。在设置岗位或职务时，为了保证业务正常开展,防止出问题，不相容岗位或职务要由不同的人来承担，这就是关键控制点;在进行会计核算时，为保证会计记录的正确性，明细账和总账之间的核对是关键控制点;为保证银行存款金额正确性，由非出纳员核对银行对账单和存款余额这也是关键控制点。内部控制是一项不断推陈出新、任重而道远的工作，随着时代的不断变化，内部控制制度也要跟着不断的修改，以达到其有效性，切实控制各种漏洞的发生。行政事业单位是一个特殊的单位，不同于企业，有它自身的特点,特别是在社会主义市场经济大发展的情况下，行政事业单位的建设也面临着新的挑战，因此内部控制制度的健全也显得犹为重要。为保证行政事业单位的正常运行，除了要建立起比较完善的内控制度外，更要使内部控制适应时代发展，做到与时俱进。