在处理干黄花菜时要先泡后煮，先把黄花菜放在温水里浸泡一会儿，待黄花菜回软后捞出来择去顶部的硬梗和杂质，然后再将黄花菜和冷水一起放进锅里用开水煮沸，捞出后要用冷水浸泡至少两个小时才可食用，需要注意的一点，要用清水将泡好的黄花菜洗净，然后再挤干水分，这样就基本上可以去除干黄花菜中的杂质了。
黄花菜要泡多久温开水泡10-30分钟，根据黄花菜采购时的颜色、质量来确定。如果是超市买的包装好的厂家黄花菜，跑10来分钟泡发就行。如果菜市场买的要注意可能含硫，多泡点时间，倒掉水清洗2-3遍。 泡的总体原则是不能挤压让黄花菜散开，那样影响口感。
如果干黄花菜用来煲汤，持续高温会让花蕾散开，这样可以用2根黄花菜打结泡，煲汤就不会散开，口感也更脆。
黄花菜为什么不能生吃鲜黄花菜中含有一种名叫秋水仙碱的物质，进入人体后，经氧化生成的二秋水仙碱对人体的胃肠道和呼吸系统具有强烈的刺激作用，可以使人出现腹痛、腹泻、呕吐等中毒症状。因此，食用鲜黄花菜前一定要先经过处理，去搜索除秋水仙碱。由于秋水仙碱是水溶性的，所以可以将鲜黄花菜在开水中焯一下，然后用清水充分浸泡、冲洗，使秋水仙碱最大限度地溶于水中，此时再行烹调，可保安全食用。食用鲜黄花菜后，一旦出现呕吐、腹泻等症状，不必惊慌，尽快到正规医院就诊。同时也可先自行采用简易方法进行催吐，以减少有毒物质吸收，但不要自行乱服药物，以免加重病情。