1、性质不同：
安居房指实施国家“安居(或康居)工程”而建设的住房。针对4平方米以下特困户提供的销售价格低于成本、由政府补贴的非盈利性住房。是直接以成本价向中低收入家庭出售而建设的住房。经济适用住房是指已经列入国家计划，由城市政府组织房地产开发企业或者集资建房单位建造，以微利价向城镇中低收入家庭出售的住房。
2、申请条件不同：
安居房的申请条件需要申请人为年满35周岁的单身居民，申请人、共同申请人均具有本市户籍等条件。经济适用房的申请，由于各地的政策不尽相同，以当地申请政策为准。
3、出售时所交的费用不同：
安居房和经适房，均规定不满五年不允许上市交易，满五年后需补交土地出让金后才能出售。这个土地出让金怎么交，交多少，各地也有各地的政策，请以当地政策为准。
经济适用房的优点：
1、济适用房价格低廉，有很多房子是新修建的、购买优惠、户型新颖。
2、政策上，政府越来越重视经济适用房的建设，政府加大经济适用房的开发力度，并出台相关政策如限制经济适用房的购房人群、给予相关购买优惠等。
3、经济适用房是具有社会保障性质的商品住宅，具有经济性和适用性的综合优势房产。
经济适用房的缺点：
1、经济适用房项目大部分均位于城乡结合地区，有些经济适用房小区到市区的公交线路和可选择的站点又相对较少，长期交通很多人无法接。
2、国家建设此类房屋，是为了改善人的生活品质，此类房子建筑户型没有商品房规划的好，有的户型设计不合理、屋子挡光的现象。
3、廉价房可能带来一些后遗症，容易形成穷人聚居的贫民窟、问题社区，造成居住割裂。