根据疫苗覆盖的HPV病毒亚型的种类多少，HPV疫苗分为二价、四价和九价。
二价、四价、九价的预防功效：
二价宫颈癌疫苗是针对HPV16 和 HPV18而研发的生物武器，HPV16 和HPV18在所有引发宫颈癌的HPV亚型中占了70%以上的份额，也就是可以预防70%宫颈癌。
需要注意的是，国产二价与进口二价效果一样。
四价宫颈癌疫苗是在HPV16 和 HPV18二价苗的基础上，增加了HPV6和HPV11二种HPV低危型亚型。四价宫颈癌疫苗可预防70%宫颈癌、90%尖锐湿疣。不但可减少宫颈癌的风险，还可以预防男女性常见的性病皮肤病，预防作用更加广泛。
九价宫颈癌疫苗是在四价苗的基础上又增加了属于高风险组的31、33、45、52和58五种HPV亚型，可以预防90%宫颈癌、85%阴道癌、50%低级宫颈癌变、90%尖锐湿疣和95%肛门癌等。
二价、四价、九价的适用人群：
二价疫苗：适用于9岁～25岁的女性群体，完成整个免疫程序共需接种三针，分别在第0、1、6个月。
四价疫苗：适用于9岁～45岁的女性群体，完成整个免疫程序共需接种三针，分别在第0、2、6个月。
九价疫苗：适用于16～26岁的女性，接种程序也是3针次，第0、2、6月分别接种一针，6个月完成全程3针次接种。