1、加工过程不同：天然可可粉是可可豆在加工成可可粉的过程中不添加任何添加剂生产出来的浅棕色的可可粉，而碱化可可粉是在可可豆加工过程中加入食用碱，可可粉的颜色也加深了，香气也比天然可可粉浓的多。这是从加工过程来区别的，一般的人没法区别，下面从使用的外观等方面作比较。
2、颜色：天然可可粉颜色比碱化可可粉淡一些，香气也不如碱化可可粉浓。
3、使用范围：在使用上，碱化可可粉使用范围要广。一般来说，天然可可粉不用于液体产品的生产，因为溶解度不高（20-30%左右）；碱化可可粉可以用于任何食品的生产，还可以直接冲服。因为碱化可可粉比天然可可粉的成本高，因此，一般的食品厂家如果是生产固体产品基本上都是用天然可可粉；而生产液态奶、饮料等液态产品时就用碱化可可粉。市面上巧克力基本上都是使用天然可可粉生产的，而巧克力味奶茶都是用碱化粉生产的。