1、法律的规定不同：国食健字依据的是2005年颁布的《保健食品注册管理办法（试行）》第33条规定。国食健注是2016年颁布的《保健食品注册与备案管理办法》第43条规定。
2、适用产品不同：国食健字适用于2005-2016年的保健品。国食健注是2016后的保健品。
3、格式不同：国食健字格式为国食健字G+年代号+4位顺序号。国食健注格式为国食健注G+年代号+4位顺序号。