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菌在医学上广泛应用。大多数为担子菌纲,少数为子囊菌纲,少数具有药用价值的酵母和其他真菌。产生抗生素的真菌有着悠久的历史。早在2500年,中国就使用曲路治疗胃肠病。东汉初年神农的《草药经》和后来的《中草药书》都记载了灵芝。常用品种有灵芝、紫芝、茯苓、茯苓、伞形斑、雷万、赤眼病、紫癜、虫草、桑蚕、香菇、耳蝉等。疗效已得到充分验证,目前仍广泛应用。
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药用真菌有以下几类:1.作为中药使用的真菌如灵芝、树舌、桑黄、乌灵菌、茯苓、雷丸、薄树芝、蜜环菌、猴头菇、猪苓、冬虫夏草、蝉花、蛹虫草、木耳、银耳。2.作为西药使用的如香菇多糖、青霉菌产生的青霉素、放线菌菌素。