据日本共同社13日统计，“海贝思”过境导致日本多处河流泛滥，目前有21条河流决堤24处，另有77条河流发生漫堤现象。其中，流经长野县的千曲川决堤，造成长野市和千曲市大范围被淹，大片住宅区被洪水包围，有的房屋甚至被淹至2层。
受“海贝思”影响，大片民宅、道路和农田被河水淹没。10月13日新华社图警惕洪灾！东京首发最高级大雨警报
面对台风强势来袭，日本气象厅向静冈、神奈川、埼玉、群马、山梨及长野等11个县及东京都发出了大雨特别警报。相当于大雨和洪水警戒级别中最高的5级，该厅要求实施最大水平的警戒以及疏散。这也是首次向东京都发出大雨特别警报。
大雨特别警报是在出现地质灾害和浸水等严重灾情、危险性极高的情况下发布的警报，相当于5个预警级别中等级最高的“第5级”预警。大雨特别警报数十年发布一次，是显示“紧急事态”最高级别的警报。
神奈川县在24小时内录得700毫米雨量，打破历年纪录，县政府指相模原市的城山水坝水位上涨，宣布泄洪，呼吁附近居民提高警觉。静冈县伊豆市也于48小时内录得543毫米雨量，是去年整个10月份雨量的两倍。
由于雨量超大，河流和水坝的积水量都超出预测。列入危险名单的大小河川单单在关东地区就有66个，包括围绕首都东京的荒川。神奈川相模川因水位超标太多，当局决定泄洪防止溃坝。
日本东日本铁路公司长野新干线车辆中心未能幸免，承担北陆新干线三分之一运力的10列新干线列车被洪水浸泡，有专家称这些被泡的列车有可能全部报废。
河水泛滥导致日本各地多个养老院被洪水包围，许多老年人一度被困，其中包括千曲川流域5所福利设施的360名老人。后经日本警察和消防部门营救，大部分受困人员现已安全转移。
日本多地还发生山体滑坡，群马县一处住宅被毁，3名居民死亡；福岛县一处住宅被沙土掩埋，房内居民仍在搜救之中。另有一艘停泊在东京湾的巴拿马籍货轮沉没，12名外籍船员目前经搜救发现9人，其中5人死亡。
此外，长野、福岛、茨城等县多条河上架设的铁路桥被冲垮，东北自动车道和东名高速道路等17条线路19个路段塌陷，日本多地依然处于停电断水状态。
日本公共交通系统正在逐步恢复正常。除北陆新干线、山形新干线13日全天停运外，其他新干线以及首都圈大部分线路13日下午基本恢复正常运行。日本羽田、成田等机场13日仍有800多个航班被取消，预计14日国内国际航班起降将基本恢复正常。